环状rna (Circular RNAs, circRNAs)是一种新兴的rna家族成员,由于其在细胞生理和疾病进展中的新功能作用,在研究中获得了重要地位。环状rna广泛地存在于细胞中,并显示出组织特异性表达和发育特异性表达。环状rna的特点是结构稳定、保守和细胞内的高丰度。
在本文中,作者讨论了生物发生的不同模式。circrna的定位、结构和保守模式、稳定性和表达特异性等特性也被阐明。此外,作者还讨论了circrna的生物学功能,如microRNA (miRNA)海绵吞噬、细胞周期调节、细胞间通讯、转录调节、翻译调节、疾病诊断和治疗潜力。这篇综述提供了对circrna潜在的诊断标记物和治疗潜力的理解,circrna每天都在出现。
图片来源:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34484862/
环状rna (Circular RNAs, circRNAs)是rna家族中一个神秘而令人兴奋的成员,近年来开始得到人们的认可。环状rna的研究进展迅速。这些分子是共价封闭的单链转录本,由前体mRNA (premRNA)通过反向剪接过程生成,也称为选择性剪接。在这个非典型过程中,一个剪接供体位点(下游50个剪接位点)与上游区域(上游30个剪接位点)共价连接。此前,circrna被认为是不寻常剪接的副产品,没有功能或微小的功能活动。然而,随着高通量RNA测序(RNA-seq)和环状RNA特异性计算生物学领域的快速发展,真核生物中出现了大量环状RNA,人们对其功能进行了探索。在真核生物中发现的环状rna存在于不同的后生动物中,即真菌、蠕虫、鱼类、昆虫、哺乳动物和植物。
虽然circRNA是单链RNA,但它不同于线性RNA,因为它是共价封闭的,这赋予了circRNA一些迷人的特性,如亲代基因调控、蛋白质复合体支架、microRNA (miRNA)海绵效应和RNA-蛋白质相互作用。尽管没有聚腺苷酸化 (poly(A)) 和 caps,但通常 circRNA 可以定位于细胞质,因此这可能是它们独特的功能能力的原因。
然而,通过前mrna外显子的反向剪接,很难通过聚腺苷化RNA-seq等实验来定位或注释。因此,在整个RNA池中,环状RNA仍然未被消化,而其他RNA则通过RNase R被消化;所以它有助于方便地访问这些环状rna分子,下一代RNA-seq,然后进行具体的计算研究。
需要指出的是,在几个circRNA亚型中,有四个主要的circRNA亚型。其中包括由单个或多个外显子衍生的外显子环状rna (exonic circRNAs, ecircRNAs),以及内含子rna。另一种环状rna是前trna内含子环状rna,它是通过剪接前trna内含子而产生的。外显子-内含子环状rna的产生是为了保留内部内含子。环状内含子rna (ciRNAs)的产生是在典型剪接过程中产生的,这是由于内含子套索脱分支失败而产生的。ciRNAs和内含子-外显子环状rna通过与snRNP(小核核糖核蛋白)相互作用,在细胞核中执行祖先基因的转录。
不同的环状rna与不同的疾病相关
图片来源:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34484862/
通过设计独特的现代工具,如环状rna的生物信息学工具,可以研究更多的功能特性,其中环状rna的可能靶标识别和与可能靶标的相互作用可以非常有效地被研究。然而,需要许多具有不同算法的生物信息学工具来有效检测环状rna及其结构和相互作用。此外,能够确定特定细胞类型(特别是单个细胞)中空间和时间上的基因表达模式的策略,对于理解环状rna的生物学功能更为现实。此外,在不久的将来,需要开发新的、快速的全基因组环状rna测序技术来注释环状rna的作用和生物学功能。
另一个有趣的事实是 circRNA 的二级结构可能会影响 miRNA 海绵化能力。然而,miRNA海绵化还需要更详细的研究。发育生物学中的环状rna应该作为另一个研究领域进行探索。除了这方面的探索,还需要在许多领域进行研究,以验证环状rna在植物和动物系统中的活动和调控。然而,CRISPR-Cas9技术等最先进的方法将有助于更深入的研究,并有助于解决不同的研究问题。(生物谷 世联博研Bioexcellence)
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